SpCas9来源于 S. pyogenes 菌株，是依赖于crRNA和tracrRNA(或连接后形成的sgRNA)引导的 DNA 内切核酸酶，在靶标双链DNA存在 PAM(NGG)的情况下，特异地切割靶标双链DNA，使DNA双链断裂 并生成平末端。PAM 对于 SpCas9 的识别和切割都是必需的，其切割位点位于目标序列(target sequence)内，离PAM区3个碱基。SpCas9 酶的HNH和RuvC结构域分别负责切割靶标双链DNA中与sgRNA配对和非配对的链。本产品中，SpCas9的H840被突变为A，从而使其HNH结构域失活。因此，SpCas9 H840A Nickase只有RuvC结构域有剪切活性，仅剪切靶标dsDNA中的NTS链，形成单链缺刻。