SpCas9是一种由crRNA和tracrRNA共同(或两者融合后形成的sgRNA)引导的DNA内切核酸酶，来源于S. pyogenes菌株。在靶标双链DNA存在PAM(5′-NGG-3′)的情况下，特异地剪切靶标双链DNA，使DNA双链断裂并生成平末端。PAM对于Cas9的识别和剪切都是必需的，其剪切位点位于目标序列(target sequence)内，离PAM区3个碱基。SpCas9酶的HNH和RuvC结构域分别负责切割靶标双链DNA中与sgRNA配对和非配对的链。本产品中，SpCas9的H840和D10都被突变为A，从而使其HNH和RuvC功能域失活，获得了Sp-dCas9酶。因此，Sp-dCas9只有结合靶标DNA的活性，而没有切割靶标DNA的活性。