BL21(DE3)/pLysS菌株携带pLysS质粒，具有氯霉素抗性，可以表达能抑制T7 RNA聚合酶的T7溶菌酶(T7 lysozyme)，从而可以抑制T7 RNA聚合酶在目的蛋白被IPTG诱导前的本底表达，即导致本底性的外源重组蛋白的表达被有效抑制，但不干扰IPTG诱导的表达。这种情况下特别适合于影响细胞生存和活力的外源毒性蛋白的表达。此外，T7溶菌酶还可以作用于大肠杆菌细胞壁上的肽聚糖导致大肠杆菌溶解。该菌株染色体整合了λ(DE3)序列，在lacUV5启动子控制下可表达噬菌体T7 RNA聚合酶(相关基因序列已经整合到细菌染色体中)。IPTG可以诱导该菌株中T7 RNA聚合酶的高表达，因此BL21(DE3) pLysS菌株适合T7启动子驱动的重组蛋白诱导表达系统，比如常见的原核表达载体pET系列。该感受态细胞经pUC19质粒检测，其转化效率高达108 cfu/μg DNA。