EPI400菌株来源于EC100菌株，将EC100核基因中可以提高质粒拷贝数的pcnB基因删除后插入一个诱导型启动子驱动的pcnB基因，从而构建成EPI100菌株。非诱导情况下，EPI400菌株中的质粒拷贝数低在加入CopyMore 400诱导剂(#96002)后可将质粒的拷贝数提高至正常状态。EPI400菌株无诱导剂培养条件下质粒DNA的拷贝数量维持在极低的水平，但在诱导培养条件下可启动质粒的快速复制，短期获得高产量的质粒DNA，保证了稳定性差的质粒的完整性。因此，EPI400特别适合于各种含不稳定DNA的质粒或含有毒性基因的克隆。mcrA突变和mrr-hsdRMS-mcrBC缺失的基因型使得EPI400菌株适合于克隆富含甲基胞嘧啶或甲基腺嘌呤的DNA。recA1和endA1突变有利于插入DNA的稳定和高纯度质粒DNA的提取。lacZΔM15标记的存在使EPI400可用于蓝白斑筛选，tonA突变赋予其抗噬菌体T1和T5的能力，rpsL突变赋予其链霉素抗性。经pUC19质粒转化检测，EPI400感受态细胞的转化效率可达107 cfu/μg DNA。