SpCas9是一种由crRNA和tracrRNA共同(或两者融合后形成的sgRNA)引导的DNA内切核酸酶，来源于S. pyogenes菌株。在靶标双链DNA存在PAM(5′-NGG-3′)的情况下，特异地剪切靶标双链DNA，使DNA双链断裂并生成平末端。PAM对于Cas9的识别和剪切都是必需的，其剪切位点位于目标序列(target sequence)内，离PAM区3个碱基。此外，在DNA PAMmer序列存在时，SpCas9也能特异地剪切单链DNA或RNA(详细信息请参考PMID: 24476820；PMID: 25274302)。此酶还可应用于体外靶标DNA的剪切、目的片段的克隆等实验(详细信息可参考PMID: 26323354) 。